MTFA:s Vetenskapliga råd bistår myndigheten med kunskap inom de ämnesområden som är relevanta för totalförsvaret samt i vetenskapliga frågor om metoder och kvalitet i myndighetens verksamhet. Vetenskapliga rådet är ett rådgivande organ inom myndigheten. Ledamöterna utses av generaldirektör Jan Garton, som även är ordförande i rådet.
Ledamöter
Ann-Marie Ekengren, professor
Gunnar Karlson, generalmajor
Evert Vedung, professor emeritus